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新しい発見はネットワークから

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以前のブログ「ネットワークをビジュアル化」で「Cytoscape」というビジュアル化のソフトを紹介しました。このソフトは「プロ直伝 伝わるデータ・ビジュアル術」(著者:五十嵐康伸 監修 発行所:技術評論社)で紹介されています。 この本に、ノーベル賞受賞の山中伸弥教授の論文を中心とする引用文献のネットワークをビジュアル化する実行例と実行するために必要なデータ作成法が、出版社のホームページ(→https://gihyo.jp/book/2019/978-4-297-10582-2)に掲載されていると記載されてあったので、探してみたのですが、見つかりませんでした。 出版社に問い合わせたところ、掲載を見落としていたようです。 データを送付して頂きましたので、添付します。

Cytoscapeに使用するデータ作成用ソフトは→ 山中論文引用検索ソフト

Jupterファイルは添付できませんでしたので、Wordにテキストで貼り付けました。Jupyterにコピーペーストして実行してみてください。 以前のブログ「有用なソフト名称がニシキヘビ、アナコンダそしてスパイダー」で紹介した「Jupyter Notebook」上で動作するソフトです。Jupyterは「機械学習やpythonが簡単に使えるドライブ」で紹介したGoogleの「Colaboratory」を利用しても使えます。

上記ソフトで作成したデータファイルです。→  山中論文引用データファイル

本来このデータファイルは「.xml」形式ですが、添付できなかったので、上述同様にWordにテキストで貼り付けました。

Cytoscape」を起動して、上記データファイルを読み込みます。

この後の処理は「http://motdb.dbcls.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=AJACS62_Cytoscape.pdf&refer=AJACS62」をご参照ください。

上手くいくとこのようになります。 → Cytoscape3

論文の引用状況をビジュアル化してみると、脳内神経のようです。 このようなネットワークにより、新しい発見・発明ができるのでしょうね。 皆さんも、いろいろなことに好奇心を持ってチャレンジしていきましょう。

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