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優れもの画像ソフト

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アナモルフォーシスで検索していたら有用な画像ソフト「ImageJ Fiji」を見つけました。使い方をまとめたので、ご覧ください。

資料はこちら → ImageJFuji

p.1 https://imagej.net/software/fiji/downloads にアクセスしてパソコンに合ったものをダウンロードしてください。ZIPファイルを適当な場所で展開して、実行ファイルで起動してください。起動すると、下のようなリボンが現れます。

p.2 ①Excelでランダムに100個プロットしたグラフを画像にして保存しておきます。ImageJ Fijiで、画像ファイルをOpenします。②Image→Type→16 bitの順にクリックすると、2値化され画像の色が黒く変化します。③Image→Adjust→Thresholdの順にクリックして現れた設定画面の④の▼をクリックして「Red」を選んでください。上下のスライドバー⑤及び⑥を調整して黒から赤になるようにして、⑦「Apply」をクリックします。 RedのところでB&Wでもできるようなのですが、Redの方が調整しやすいように思えます。

p.3 ⑧Analyze→ Analyze Particlesをクリックすると設定画面が現れます。「Show」の▼をクリックして選んでください、右側に「Overlay Masks」「Outlines」「Counter Masks」を選んだ場合の画像を載せました。番号が付与されるものや白黒反転などがあります。OKをクリックするとカウント結果が表示されます。今回は90個と100個より少なくなっています。これは繋がった粒子をまとめてカウントしたためであると思います。繋がったものを分離する方法については、次のWebサイトで説明されています。

粒子の分離について → https://xlab.leica-microsystems.com/imagej_recap_apr2017

p.4 菌の顕微鏡写真について、上述の手順で実行してみました。16ビット化すると左下のように変化します。次に、Threshold処理を行います。スライドバーをズラして調整します。ヒストグラムの分布が高い部分はベースの部分です。調べたい菌だけ赤くなるようにバーを動かして調整します。よければ、OK押すとカウント値207と表示されました。

このImageJ Fijiは、優れものでまだまだたくさんの画像処理機能があるようです。長さを計測することもできるようです。

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