画像解析を無料で利用できるオープンソースのImageJについては「科学的な目線でみると・・・」「優れもの画像ソフト」「不定形でも大丈夫」「間違い探せるか？」「靴ひもの公式？」で取り上げてきました。最近、このImageJに「Cellpose」という自動的に画像をセグメンテーションする深層学習ツールがプラグインできるようになったそうです。 「Cellpose」がどんなものであるかを体験できるWebサイトがありますので、以下のサイトにアクセスして、画像をドロップするか下方にある画像をクリックしてみてください。「Cellpose」は、細胞のマスク画像の中心を計算し、中心に向かうベクトルの中心からの距離を計算して学習を進めるので、トレーニングデータセットが少量で済むそうです。
「Cellpose」の体験サイト → https://www.cellpose.org/
ImageJへの「Cellpose」のプラグインの方法説明サイト →https://qiita.com/Naka24-sun/items/2e41b65e8cd68ef9e218
「Cellpose」を使用する際に、pythonも必要なようです。興味がある方は、挑戦してみてください。